Sağlıklı üretim koşullarının elde edilmesinde tek başına yapılacak temizlik işlemleri çoğu zaman yeterli olmaz. Olması gereken, temizlik işlemlerinde dezenfektanlı ürünlerin kullanılması veya temizlik işlemleri sonrasında bir de dezenfeksiyon işlemi yapılmasıdır. Gıda ile temas eden her tür yüzey ve ekipmanların gıda güvenliği açısından dezenfekte edilmesi şarttır. Bu amaçla, Sökülebilir parçalar çıkarılır, temizlenir, durulanır ve dezenfekte edilerek kurumaya bırakılır, Artıklar ve kaba kirler uzaklaştırılır, uygun bir seyreltme aparatı veya deterjan solüsyonu hazırlanır, hazırlanan deterjan solüsyonu ile yüzey ve ekipmanlar temizlenir ve durulanır, tüm yüzey ve ekipmanlar hazırlanan dezenfektan solüsyonu ile silinir ve etki göstermesi için 5 dakika bekletilir, durulanır ve kurulanır.
Zararlı mikroorganizmalar gereken hijyen koşulları sağlanmaz ise tahmin edilenden daha hızlı bir biçimde çoğalarak gıda zehirlenmelerine sebep olur ve insan sağlığını tehdit ederler. Konu ile ilgili riskleri azaltmak, gıda üretimi yapan alanların sorumluluğudur.
Bir gıda üretim alanında bina içinde gerekli hijyen koşullarını sürdürmek için temizlik malzemelerinin yeterliliği çok önemlidir. Çünkü yeterli temizlik malzemesi, dezenfektan ürünü gıda zehirlenmelerine kadar ulaşabilen olumsuz sonuçların önlenmesinde ana adımı teşkil eder.
En temel biçimi ile gıda üretim alanlarında yeterli sayıda el dezenfektanı, kağıt havlu, çöp kovası, el yıkama malzemesi, dezenfektanlı hijyen paspası, yapışkan bantlı sinek öldürücü, lavabo mutlaka bulunmalıdır. Gıda üreten veya satan işletmelerin bazı hijyen kurallarına katı bir biçimde dikkat etmeleri gerekir. Örneğin, gıda üretim alanındaki ekipmanların hepsi malzemenin yapısının gerektirdiği şekilde temizlenmeli ve dezenfekte edilmelidir. Benzer şekilde tuvalet çıkışlarında mutlaka hijyen paspası olmalı, bu paspasın temizliği düzenli aralıklarla yapılmalıdır. El yıkama evyelerindeki muslukların elle temas etmeyecek şekilde açılıp kapanabilmeleri de önemlidir. Bu amaçla fotoselli otomatik veya dirsek kumandalı musluklar mevcuttur.
İş yerinde temizlik yapılırken Sağlık Bakanlığı tarafından kullanımına izin verilmiş olan gıda sanayine uygun deterjan, kimyasal veya dezenfektanlar ve temizlik koşullarını sağlamaya yardımcı olacak ekipmanlar kullanılmalıdır.